心房颤动（心房纤颤，房颤）时左心房内可以产生血栓，血栓从心壁脱落，引起动脉栓塞；如血栓进入脑动动脉分枝，即引起脑动脉分枝栓塞，称缺血性脑卒中（脑中风）。房颤引起的脑卒中占所有缺血性脑卒中的15-25%，年龄超过80岁更高达40%，约30%在一年内死亡。急诊室诊断为缺血性脑卒中的病人中有高达28.6-48.6%病人被发现同时伴有房颤。所以有缺血性脑卒中的病人一定不要忘记检查有无房颤。
房颤时左心房出现血栓的原因是因为房颤时，心房开始乱跳，各部心肌搏动呈不同步性，致使血液不能有效地挤入心室；同时由于左心房内有一称为左心耳的结构，该区内陷弯曲，心内膜呈粗糙状，血液易在该部滞留，形成血栓，然后血栓从心壁脱落，进入主动脉，再随血流流入动脉分枝，如进入脑部的动脉，即造成脑动脉栓塞，阻断血流，引起脑组织缺血缺氧，脑组织坏死，称为缺血性脑卒中或脑中风。
这种脑卒中可致残（致残废），如引起失语，偏瘫，失聪（听力障碍），痴呆，昏迷等，严重时直接引起死亡。
房颤病人在房颤发作期内，发生左心房内血栓的可能性是很高的。
因此房颤病人预防血栓发生是非常重要的预防环节。抗血栓栓塞治疗一方面为了预防，如病人已有了左心房血栓，用抗血栓治疗还可溶解已形成的血栓。左心耳封堵术或切除术可用于封闭左心耳，直接消除产生血栓的场所，有很高的预防血栓形成的疗效。房颤病人抗血栓栓塞治疗药物主要包括：抗凝剂华法林和抗血小板药物阿司匹林，两种都可以抗血栓栓塞治疗。另外近年出了几种新抗凝药物，如达比加群脂，利伐沙班等。
据中国不全面流行病学调查，中国大陆房颤病人中97%从不服用预防血栓栓塞的抗凝剂华法林，极少数服用华法林的病人也几乎没有监测血ING值，62%的病人从不服用抗血小板药物阿司匹林，而服用超过每周三日以上者仅占20%。这是中国房颤病人产生脑卒中的重要原因。中国房颤专家组专家曹克将教授在为《心房颤动防治指南》
怎样决定用与不用抗血栓栓塞治疗药物？这里有两种情况：一是在房颤发作期内，第二是非发作期内。
在房颤发作期内，对任何种类的房颤病人来说，均需要服用抗血栓栓塞治疗药物。如阵发性房颤病人在房颤发作时，需要服抗血栓栓塞药物，直至发作停止后四周；对持续性和永久性房颤病人来说，由于你的发作处于持续或永久状态，你需要长期服用抗血栓栓塞药物。
非发作期内是否服用抗血栓栓塞药物，则按照《心房颤动防治指南》一书中185-187页上二个评分表中任一个表来执行，这两个表一个是CHADS2表，另一个是CHA2DS2-VASc表：
任选两个评分表中一个，如你的得分是2分或2分以上，说明血栓栓塞的风险高，你必须在发作期和非发作期内接受抗血栓栓塞治疗，用抗凝药华法林最好，抗血小板药物阿司匹林次选，当然选用新抗凝药物如达比加群脂，利伐沙班等更好；如得分1分，说明血栓栓塞风险中等，保险起见，你仍需接受抗血栓栓塞治疗，选华法林或新抗凝药物或阿司匹林之一即可；如得分是0分，说明血栓栓塞风险低，你可以不用任何抗血栓栓塞药物。